Проблемы с оплатой командировочного перелета - как решить ситуацию с изменением рейса и неверным электронным документом?

Мы летели из Анапы через Москву в Варну (Болгария) в командировку. Из Анапы вылет задержали и мы опоздали на самолет Москва-Варна. Оба рейса выполняет одна авиакомпания. В Москве представитель авиакомпании поменял нам билеты на другой рейс, который летел в Бургас (Болгария). По приезду обратно, наша бухгалтерия говорит, что этот перелет за наш счет, т.к. в электронном документе указан рейс Москва-Варна. Что должны сделать мы, чтобы нам оплатили перелет? Или что должна сделать (как оформить) бухгалтерия? Спасибо.