Что делать, если я не сохранила копию справки о беременности и работодатель говорит, что не получал ее?

Предоставьте еще одну.

Если нигде не зафиксировано, что Вы предоставляли справку, то не докажите. Однако по закону ничего страшного предоставите новую, в которой будет указано начало срока беременности. Он обязателен для работодателя, а не дата когда Вы предоставили справку