Может ли командование забрать водительское удостоверение у личного состава.

НЕТ, не имеет права забирать

Здравствуйте Сергей!

Если смогут обосновать, что данная мера направлена на обеспечение безопасности государства.

В целом,не могут.

Если захотите обжаловать действия командования, обращайтесь,поможем.