Где обратиться для взыскания неуплаченной зарплаты после увольнения из государственного учреждения - КТС или суд?

Лучше в суд. Основание - ст. 391 ТК РФ.

" Статья 391. Рассмотрение индивидуальных трудовых споров в судах

В судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям работника, работодателя или профессионального союза, защищающего интересы работника, когда они не согласны с решением комиссии по трудовым спорам либо когда работник обращается в суд, минуя комиссию по трудовым спорам, а также по заявлению прокурора, если решение комиссии по трудовым спорам не соответствует законам или иным нормативным правовым актам.

Непосредственно в судах рассматриваются индивидуальные трудовые споры по заявлениям:

работника - о восстановлении на работе независимо от оснований прекращения трудового договора, об изменении даты и формулировки причины увольнения, о переводе на другую работу, об оплате за время вынужденного прогула либо о выплате разницы в заработной плате за время выполнения нижеоплачиваемой работы"