Что делать, если работодатель не выплачивает зарплату уже второй месяц и офис находится в другом городе, а трудовой договор имеется только один экземпляр?

обратитесь в трудовую инспекцию.

Здравствуйте. Вы можете обратиться в трудовую инспекцию и прокуратуру одновременно. Если трудовые отношения оформлены официально, то можете взыскать зарплату через суд с процентами и т.п. Если же Вы не оформлены (нет тому доказательств), всё равно ущерб возможно взыскать.