В современной следственно-судебной практике сформировалась и применяется судебная психофизиологическая экспертиза с использованием полиграфа по уголовным и гражданским делам, а также по делам об административных правонарушениях. Такая экспертиза назначается при наличии неустранимых противоречий в показаниях участников процесса (свидетелей, потерпевших, обвиняемых, подозреваемых), в случае противоречия между показаниями и другими доказательствами по делу, а также при отсутствии доказательств. Если судья, следователь, дознаватель отказывают на заявленное ходатайство о назначении психофизиологической экспертизы, в рамках дела можно провести специальные психофизиологические исследования (СПФИ). В этом случае заключение специалиста используется в соответствии с ч. 3 ст. 80 УПК РФ, ст. 71 ГПК РФ и ст. 27.7 КоАП РФ.
Отстаивая позицию необходимости применения полиграфа в уголовном судопроизводстве, следует отметить, что существующая процедура проверки и оценки доказательств, предусмотренная ст. ст. 87 - 89 УПК, способна в полной мере обеспечить соблюдение конституционных прав участников уголовного судопроизводства и гарантировать безупречность собранных органами предварительного расследования доказательств. Не стоит забывать и о том, что обвинительный приговор судом постановляется только в случаях, если виновность подсудимого подтверждена совокупностью исследованных в ходе судебного разбирательства доказательств. И наконец, в уголовном процессе действует принцип презумпции невиновности, когда все сомнения, которые не могут быть устранены предусмотренным законом путем, толкуются в пользу обвиняемого.
"Полиграф не готов к использованию в уголовном процессе" - такая предварительная позиция выражена на заседании экспертно-консультационного совета при комитете Совета Федерации по конституционному законодательству.
По мнению выступавших, сегодня в сфере применения полиграфа есть проблемы, связанные как с техническими характеристиками этого устройства, так и с их юридической оценкой. Отмечалось, что ведущие эксперты по уголовному процессу из МГУ, СПбГУ, Московской государственной юридической академии выступают против рассмотрения результатов экспертизы с участием полиграфолога в качестве доказательства, поскольку это может нарушить конституционные права человека.
Например, судья Рузаевского районного суда Республики Мордовия отказал в удовлетворении ходатайства обвиняемого о назначении и проведении в отношении его экспертизы с использованием детектора лжи (полиграфа). Постановление было вынесено в письменном виде в форме отдельного документа и содержало обоснования и мотивы принятого решения, среди которых следует выделить следующую аргументацию: "...методика тестирования на полиграфе не обладает исключительным характером. Данные тестирования не могут служить исключительным доказательством виновности или невиновности лица".