Применения штрафов как меры дисциплинарного взыскания трудовым законодательством России не предусмотрено.
Однако, работодатель может, проведя определенные действия, по выявлению материального ущерба, предложить Вам добровольное погашение суммы, определенной как материальный ущерб. В случае Вашего отказа добровольно возместить ущерб, никаких удержаний из заработной платы производится не может. Работодатель должен будет обращаться в суд.
Проверка медицинской книжки и допуск к работе на основании данных в ней - как правило, лежит на работодателе. ПОэтому, исходя из поверхностного анализа Вашего вопроса, Ваш работодатель навряд ли обратиться в суд.
В любом случае, если у Вас что-либо удержат из Вашей заработной платы, без Вашего выраженного в письменной форме согласия, Вы также можете обратиться в суд. Если конечно удержание будет производится из официальной части заработной платы.
Удачи.