Как самостоятельно снять машину с учета и получить транзиты при отсутствии перерегистрации на нового владельца

Сами снять сможете если будет доверенность на вас.

А вообще можете не снимать, а зарегистрировать на себя если есть договор купли-продажи(поставить на учет) и уже после этого снять как собственник (приказ МВД РФ от 20.01.2011 № 28)