Проблемы в организации связанные с поздним предоставлением больничного - правомерность увольнения?

Жена уходит в декретный отпуск. В организации возникли большие проблемы из-за того, что больничный жена принесла через две недели после его начала. Хотя бухгалтер организации вышла из отпуска меньше недели назад. Теперь говорят, что невозможно правильно ничего начислить, т.к. все происходит автоматически в программе. Требуют написать заявление на увольнение по собственному желанию или будут увольнять по статье. Имеют ли они на это право и действительно ли такая проблема в том что так поздно принесли больничный?