Здравствуйте. Сам факт наличия у вас регистрации (временной или постоянной) в квартире мужа не является главной причиной. Здесь главным является право пользования жилым помещением. Поскольку вы с детьми вписаны в договор найма служебного жилья, это может являться основанием для вашего проживания.

При постоянной регистрации муж не сможет снять вас с учета.

Не важно какая регистрация, выселить можно с любой пропиской Но пока вы официально в браке это очень затруднительно. Если вас выселяют через суд, лучше с юристом составить возражения.