В учреждении, с которым у ведомства заключен договор на оказание мед услуг.

Ммм, как правило в ведомственной поликлинике, а при её отсутствии, проходят в поликлинике, с которой работодателем заключен договор на периодический медосмотр.

Насколько знаю, работники МЧС, МВД и тд проходят в подведомственных поликлиниках, как служащие, а вольнонаемные по месту прикрепления, если работодатель не заключал договор с какой-либо мед.организаций для осмотров.