Может ли военнослужащий быть председателем СНТ?

Нет

Если это не противоречит Уставу СНТ, то может.

Здравствуйте. В силу ст. 10 Федерального закона от 27.05.1998 N 76-ФЗ «О статусе военнослужащих»

7. Военнослужащие не вправе:

заниматься другой оплачиваемой деятельностью, за исключением педагогической, научной и иной творческой деятельности, если она не препятствует исполнению обязанностей военной службы.

То есть если такая деятельность не оплачивается то проверить факт занятости будет сложно, если такая деятельность никак не оформлена. Выводы делать Вам.