Как правильно перейти с работы сельского доктора на контракт в министерстве обороны?

Это не так просто. Если вы сейчас исполняете договор, то вряд ли вас до конца отработки отпустят. И даже если минобороны пришлет вам положительный ответ, то им придется решать этот вопрос с вашим нынешним работодателем. Вот такая ситуация. Вначале выясните позицию своего работодателя.. Если согласится, то обращайтесь в ГВМУ Минобороны и решайте с ними свой вопрос.

Тут нет варианта "как лучше".

Потому что можно только уволится . И заключить контракт.

При этом советую сначала узнать в военкомате возьмут Вас или нет.