При предъявлении обвинения по ч 3 ст 158 УК (кража из магазина) "крупный размер" считают по эпизоду или по совокупности эпизодов?

Это зависит от направленности умысла.

И немножко от хитропопости сотрудников оперативного подразделения, сопровождающего дело и, конечно,следователя.

Более детальную информацию можно обсудить в личке. Если, конечно, у вас она есть, а не одни предположения за недостатком данных, как ранее))

Если отсутствует единый умысел на совершение краж (разное время, разнве магазины), то обвинение должно быть предъявлено по каждосу эпизоду в отдельности, соответственно и размер ущербы будет исчисляться отдельно по каждому эпизоду.