Будут ли мне вовремя, т.е. каждый месяц выплачиваться алименты, если у мужа зарплату задерживают на несколько месяцев?

Врядли, просто его долг будет накапливаться.

Если в решении суда указано, что он должен Вам платить алименты в определённых процентах (25% на одного ребёнка, 33% на двоих детей), то долг действительно будет расти. В данном случае Вам следует обратиться в суд, вынесший решение, с заявлением об изменении способа исполнения судебного решения и потребовать взыскания с ответчика алиментов в твёрдой денежной сумме либо исходя из средней заработной платы на территории города Читы.