На этот вопрос Вам ответит ВВК. Патология желудка вещь так сказать растяживая.
Если ввк признает вас не годным к военной службе, то да, подобное возможно.
Из Расписания болезней - Болезни пищевода, кишечника (кроме двенадцатиперстной кишки) и брюшины (в том числе врожденные):
а) со значительным нарушением функций - категория Д.
Надо знать тяжесть заболевания.
Пишите рапорт на ВВК.