Дело прекращается.

Если в отношении подсудимого вынесен оправдательный приговор, то уголовное дело не направляетя обратно в следственный орган. Уголовное дело могут вернуть прокурору по ст. 237 УПК РФ, но такое решение суд модет вынести до вынесения окончательного решения.

В случае же оправдания подсудимый тмеет право на реабилитацию, то есть ра получение в том числе денежной компенсации.