Нужно ли получать разрешение на реконструкцию гаража (возведение второго некапитального этажа) в органах градостроительства?

Не надо, если речь идёт об индивидуальном гараже, Главное чтобы при этом градостроительные регламенты (по этажности и высоте) не нарушить, установленные местными Правилами землепользования и застройки. Как-то, так.