Судья правильно отреагировал. Какого-либо отдельного решения по замечаниям к протоколу не требуется. Может быть и повлияют эти замечания. Не знаю, не изучал Ваше дело. Нарушение или неправильное применение норм процессуального права является основанием для изменения или отмены решения суда первой инстанции, если это нарушение привело или могло привести к принятию неправильного решения.

Если в связи с этим не были приняты во внимание важные для решения факты, то безусловно это будет являться основанием для отмены решения и нового рассмотрения.