На этом основании не могут отказать.

Если есть другие доказательства, то дело возбудят.

А неоформление трудового договора - это уже другая ответственность работодателя.

Да, могут, если нет доказательств того что лицо принимало на себя материальные обязательства. Этого работодателя самого привлечь за нарушении прав работника. Что бы вам предоставлять более подробный ответ, нужно понимать как проходили ревизии и иные обстоятельства.

Здравствуйте! Ну могут и отказать при чем тут это? Отказ можно обжаловать в прокуратуру и отменить суть дело то в чем?

При отсутствии доказательств будет отказ в возбуждении дела.