Считается ли паспорт недействительным, при подачи заявления на его замену в гос услугах?

Нет, пока не выдан новый, старый продолжает действовать

Если у вас прошли все сроки на его замену, то он недействителен. Заменить его можно подав заявление и через госуслуги.