У меня две квартиры. Я имею право бесплатно приватизировать только жил. площадь в которой зарегистрирован?

Именно ТАК и никак иначе!

Уважаемый Сергей Федорович!

Правом на приватизацию квартиры обладают граждане, которые занимают ее по договору социального найма. Те квартиры, которые предоставлены по договору безвозмездного пользования, приватизировать нельзя. Только наниматель и члены его семьи, которые прописаны в помещении, имеют право на его приватизацию. На нее не могут рассчитывать временно проживающие в квартире родственники, друзья или знакомые.

Более подробно см. Закон РФ от 4 июля 1991 г. N 1541-I "О приватизации жилищного фонда в Российской Федерации"