Вопрос: в военном билете стоит не годен, выда новый паспорт с штампом военнообязанный. 45 лет. Так должно быть?

Добрый день! Не должно быть. Но приоритет имеет сведения, содержащиеся в военном билете.

Нет, поскольку если у вас действительно категория годности "Д" (не годен к военной службе) в военном билете, то вы освобождаетесь от исполнения воинской обязанности (ч. 4 ст. 23 ФЗ "О воинской обязанности и военной службе") и должны быть сняты с воинского учёта, исключены из состава запаса (ч. 3 ст. 53 ФЗ "О воинской обязанности и военной службе").