Физ. лицо хочет приобрести долю в ООО, но у него (ф.л.) есть долги. Может ли налоговая отказать в проведении сделки?

Нет. такие основания для отказа в совершении сделки в законодательстве отсутствуют.

Нет, отказать не может. Нет таких оснований для отказа.