Или надо писать новое заявление и отрабатывать 2 недели.

Здравствуйте. Вообще на отработку дается 2 недели. раз вы по истечение 2 недель продолжали ходить на работу, а работодатель против этого не возражал, значит, теперь, если снова хотите уволиться, процедуру надо выполнять заново, т.е. писать заявление на увольнение. По поводу отработки - все зависит от причин увольнения. Расчет получите при увольнении. Удачи