При слиянии юридических лиц права и обязанности каждого из них переходят к вновь возникшему юридическому лицу (ст.58 ГК РФ).
При реорганизации (слиянии) трудовой договор сохраняет свою силу. Если в штатном расписании образованной в результате слияния организации должность работника сохранена, оснований для увольнения по сокращению штата не имеется. В этом случае изменяются условия трудового договора, о чем работник не позднее чем за два месяца должен быть извещен в письменной форме. Если он согласен с такими изменениями, трудовые отношения с ним продолжаются.
Таким образом, что из начальником отдела будет иметь преимущество, остается на усмотрение администрации вновь образованного предприятия. Тот, кому не повезло, будет уволен по сокращению штатов.