Во время 2-х недельной отработки ушел на больничный, выписали за 3 дня до окончания отработки.

Во время 2-х недельной отработки ушел на больничный, выписали за 3 дня до окончания отработки.отношения с начальником ужас, что делать

Просто выйти как указано в листке нетрудоспособности на работу.

А далее уволиться.

Не вижу никаких проблем.

Время отработки считается с момента подписания заявления на увольнение - 2 недели. Даже если сотрудник находиться на больничном, стаж то у него рабочий все равно идет. Так что смело уходите с работы, забрав все документы!