Командир угрожает выговором и лишением премии за превышение скорости военнослужащим на личном автомобиле

Не имеет командир такого права, Вы не нарушали порядок несения службы, а совершили административное правонарушение, за что и были привлечены к административной ответственности, не более того.

Согласно действующему законодательству Вы не можете быть привлечены к ответственности за одно и то же деяние дважды. За нарушение предусмотренные главой 12 КоАП РФ Вы несете ответственность на общих основаниях.

Потому проведения служебной проверки в отношении Вас заведомо незаконно.