Как правильно зарегистрировать сына в браке на новом месте проживания и избежать нарушений в оплате коммунальных услуг?

Нет не является, вы в свое время изъявили желание его зарегистрировать.

Является ли это нарушением прав тех, кто платит за него коммунальные и тд?

Да, поскольку не соответствует требованиям разумности, добросовестности и справедливости (ст. 6 ГК РФ).

Какая то вычурная ситуация... При регистрации на новом месте данные о регистрации предыдущего места отменяются автоматически.

Если собственником помещения являетесь вы и вас не устраивает регистрация сына вместе с вами, то вы вправе требовать у сына покинуть помещение, нести бремя оплаты коммунальных услуг и иных платежей. При отказе сына добровольно выполнять ваши требования, вы вправе обратиться в суд с заявлением об прекращении у сына права проживания.

Вы можете снять его с регистрационного учета как утратившего право пользования.

Если ваш сын не имеет доли в квартире, и квартира не является его единственным жильём, то по суду вправе снять его с регистрации, взыскать то, что он обязан платить за ЖКУ.