Нужно ли мне заполнять трудовой договор для получения разрешения на работу, если я являюсь гражданином Азербайджана с РВП и ИНН?

Не совсем понятно, с кем Вы хотите заключить трудовой договор. Если с вновь принимаемыми на работу к Вам работниками, то обязательно, если Вы говорите про себя, то нет, поскольку статус Индивидуального предпринимателя подразумевает, что Вы осуществляете индивидуальную трудовую деятельность сами.

Более полную консультацию Вы можете получить позвонив по телефонам указанным на сайте.