Спор об оплате труда - как правильно рассчитывать доплаты к окладу в организации?

В организации разработано и утверждено работодателем штатное расписание в соответствии с Постановлением Госкомстата РФ от 05.01.2004 N 1 "Об утверждении унифицированных форм первичной учетной документации по учету труда и его оплаты" по унифицированной форме "№ Т-3". В графе "доплаты" к окладу указана твердая денежная сумма 1000 руб. Однако бухгалтер, при расчете заработной плате данную доплату к окладу, рассчитывает в процентном соотношении к окладу. По мимо этой доплаты, согласно штатного расписания, есть вторая доплата, согласно трудового договора уже в процентном соотношении. При расчете бухгалтер суммирует две доплаты в процентном соотношении, 10%+40%, не берет во внимание, что первая доплата к окладу, согласно штатке, утверждена директором в твердой денежной сумме 1000 рублей. Правомерно ли бухгалтер самовольно прибавляет к окладу уже 50%, вместо твердой денежной суммы 1000 руб. (по штатке), а затем 40% (по приказу), как это надо? Потому, что с учетом других доплат приказом директора, при расчете бухгалтером в процентном соотношении, как она расчитывала изначально, общая сумма к выдаче будет меньше.