Как аннулировать выплаты и отчисления от прежнего работодателя после ухода по собственному желанию?
Ничего не аннулируете. Обратитесь с заявлением к прежнему работодателю, чтобы он или выплатил Вам начисленное или исправил сведения, предоставленные ИФНС о начисленных доходах.
А если обратиться с заявление в суд, есть ли толк? Просто я думаю, что в этой системе замешана сотрудница, а сама организация даже и не в курсе событиц.
Де-факто у вас трудовые отношения, согласно выпискам из ФНС не прекратились, а значит вам почти год заработанные средства не оплачивались. В подобных спорах требуется досудебный (претензионный) порядок урегулирования. Узнайте сперва, чего хотите, а потом пишите претензии либо в ФНС, либо работодателю.
Вы сначала в организацию обратитесь, потому что суд - это когда есть спор, может, руководитель и/иди главный бухгатер сами разберутся. Вот если не разберутся, то тогда в суд с приложением копии заявления (переписки) с организацией.