Нотариус примет справку о наличии суммы на мат. капитал без печати и подписи через госуслуги?

Д.б. электронная подпись на справке. Пробуйте, предъявляйте, может и пройдёт.

Скорее всего нет. На практике нотариусы все действуют по-разному. Лучше вам позвонить и уточнить тому нотариусу, которому собираетесь обратиться.