Когда отказывают в выдаче лицензии на оружие по причине неправильной подачи документов - нужно ли оплачивать госпошлину заново?

Пунктом 1 статьи 333.40 главы 25.3 "Государственная пошлина" НК РФ установлен исчерпывающий перечень, в соответствии с которым уплаченная государственная пошлина за совершение юридически значимых действий, предусмотренных главой 25.3 "Государственная пошлина" НК РФ, подлежит возврату. Таким образом, если организация (или физическое лицо) обратилась в уполномоченный орган с заявлением за совершением юридически значимого действия в отношении нее и (или) за выдачей документов и уполномоченным органом было принято обоснованное решение об отказе в совершении вышеуказанных действий, то уплаченная сумма государственной пошлины, возврату не подлежит. Правомерность данного вывода подтверждается позицией Конституционного Суда Российской Федерации, изложенной в Постановлении от 23 мая 2013 г. N 11-П.

В вашем случае необходимо оплатить пошлину вторично.