Как брак и ИП влияют на выплаты по беременности и пособия?

Никак. Выплаты по беременности будут исчисляться из размера Вашего заработка. Пособие по уходу за ребенком так же (если заработок небольшой, то установленный минимум). Заработок супруга будет считаться только для определения Вашей семьи как "малоимущей"