Отказ в приеме в школу из-за неподходящего места регистрации

Вам не имеют права отказать. Вы можете быть прописаны в одном месте, а проживать в другом. Руководство школы нарушило статью 43 Конституции РФ, которая гласит:

Гарантируются общедоступность и бесплатность дошкольного, основного общего и среднего профессионального образования в государственных или муниципальных образовательных учреждениях и на предприятиях. ... Основное общее образование обязательно. Пишите письменное заявление о приеме ребенка на руководство школы. При повторном отказе можете писать жалобу в Прокуратуру. Хотя уже есть основания для жалобы.

Удачи.