Если взял сумму в микро займе у организации а она потом была исключена из реестра?

Данное событие не освобождает заемщика от уплаты займа. Вы можете перечислять денежные средства в погашении займа на депозит нотариуса, тогда будете освобождены от уплаты штрафных санкций за несвоевременный возврат займа.

Это совсем не значит что не нужно возвращать займ стст 807-810 ГК РФ.