Как убрать статью 158 ч. 2 из своей базы через суд или другим способом?

Нет, к сожалению это невозможно. Данные о судимости, в том числе погашенной или снятой, будут храниться в базе данных МВД практически пожизненно. Конституционный Суд РФ признал, что это не нарушает права человека.