Можно ли переплату за капремонт, зачесть в счёт долга за содержание и текущий ремонт?

Можете если об этом договоритесь. Но по моему мнению вряд ли это у Вас получится.

Добрый день! Это две разные организации, скорее всего не получится.

Нельзя, разные счета. Или оформить возврат, или данная сумма будет учтена в будущем.

Организация одна, разный расчетный счёт, случайно заплатила квартплату на счет капитального ремонта.