Отсутствие регистрации препятствует получению паспорта в МФЦ другого региона

В соответствии с пунктом 10 Положения о паспорте гражданина Российской Федерации, утвержденного постановлением Правительства Российской Федерации от 8 июля 1997 г. N 828

Выдача и замена паспортов производятся территориальными органами Министерства внутренних дел Российской Федерации по месту жительства, по месту пребывания или по месту обращения граждан в порядке, определяемом Министерством внутренних дел Российской Федерации.

Проще для вас будет обратится либо в другой мфц или непосредственно подразделение мвд, которое занимается выдачей паспортов.