Почему не оплачивают командировочные и проживание сотрудникам в институтах МВД как раньше до перевода в Росгвардию.

Потому что обучение - это не служебная командировка.

Сотруднику могут быть предоставлены гарантии и компенсации, при совмещении службы и работы (ст. 9.6 - "Отраслевое соглашение между Общероссийским профессиональным союзом работников государственных учреждений и общественного обслуживания Российской Федерации и Федеральной службой войск национальной гвардии Российской Федерации на 2018 - 2020 годы" (утв. Общероссийским профессиональным союзом работников государственных учреждений и общественного обслуживания Российской Федерации, Росгвардией 28.08.2017)