Командир лишил премии до 1%, за не явку на работу с утра, имеет ли права?

Запросите Приказ о начислении Вам премии, командир не имеет право Вас лишить премии (премия не может лишаться), премия может быть только начислена в 1% взамен, например 25%. Это право командира. А вот если в приказе указано о лишении премии, данный приказ можно обжаловать по КАС РФ в гарнизонном военном суде.

Здравствуйте, командир воинской части в зависимости от субъективной оценки результатов Вашей служебной деятельности вправе установить Вам конкретный размер премии (установить максимальный размер премии или снизить ее до минимума).

Вы подменяете понятия командир воинской части не лишил Вас премии, а снизил ее размер.