Можно ли уйти в декрет при наличии контракта на 3 года и будет ли это время входить в его срок?

Вообще это по закону называется ученический договор, а не контракт. Согласно ст 201 тК РФ время нахождения в декрете не будет входить в срок действия ученического договора

"Трудовой кодекс Российской Федерации" от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 01.04.2019)

ТК РФ Статья 201. Действие ученического договора

Путеводитель по кадровым вопросам. Вопросы применения ст. 201 ТК РФ

Ученический договор действует со дня, указанного в этом договоре, в течение предусмотренного им срока.

Действие ученического договора продлевается на время болезни ученика, прохождения им военных сборов и в других случаях, предусмотренных федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации.

(в ред. Федерального закона от 30.06.2006 N 90-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

В течение срока действия ученического договора его содержание может быть изменено только по соглашению сторон.

По письменному заявлению и при предоставлении медицинской справки, подтверждающей состояние беременности, продлевается срок действия трудового договора (контракта) до окончания беременности.