Незачтенная оплата на устаревшие реквизиты - как потребовать оплату на действующие согласно доп. соглашению по контракту 44-ФЗ?

Он не прав, поэтому необходимо направить в его адрес письменную претензию на основе норм ГК на оплату.

Добрый день. Поставка разовая, или по заявкам заказчика?

Если разовая-то Заказчик должен был произвести оплату по новым реквизитам.

Если поставка производится по заявкам заказчика, то Вы должны указать в счете на оплату новые платежные реквизиты, и желательно упомянуть в указанном документе об изменении реквизитов.

Я посоветовал бы Вам обратиться к заказчику, вероятно, есть возможность осуществить возврат денежных средств через Казначейство - отозвать расчетный документ (если банк принял платежное поручение к исполнению, но деньги еще не списаны с расчетного счета организации). На практике правила отзыва таких документов банки устанавливают в своих внутренних правилах и прописывают в договоре банковского счета.

Для более подробной консультации обратитесь к любому специалисту.