В каком вузе можно получить второе высшее по линии ФСБ или МВД, если первое не по профилю?

Марина, именно по профилю ФСБ и МВД второе высшее вы не получите, так как ведомственные вузы обучают в рамках первого высшего. При условии, что в данных ВУЗах существуют платные факультеты вы сможете получить только второе высшее юридическое образование, как и в любом другом ВУЗе не более.

Либо поступайте на платное в любой ВУЗ на специалиста, который требуется в указанных ведомствах и затем устраивайтесь в данные ведомства в общем порядке.

С уважением.