Могут ли снять деньги с материнского капитала если ребёнок прописан у отца и там есть долг за квартиру.

Уважаемый посетитель сайта! Нет, выделение средств маткапитала на оплату долгов не предусмотрено.

П. 13 ст. 101 ФЗ "Об исполнительном производстве" запрещает взыскивать задолженность из средств материнского (семейного) капитала. Можете не волноваться по этому поводу.