Влияет ли наличие долга в пенсионном фонде на переоформление машины?

Здравствуйте.

Нет, не повлияет. Вы, как собственник автомобиля, вправе распорядиться им по своему усмотрению.

Главное снять авто с регистрации в ГИБДД и сообщить о продаже в ИФНС.