Противоречие в законодательстве - почему инвалиды 1 группы освобождены от налога на одно транспортное средство в РФ, но в СПб устанавливается ограничение по мощности?

Вы какой закон имеете в виду? Уплата транспортного налога регламентируется Налоговым Кодексом РФ (ч. 2). В нем указано, что законами субъектов РФ могут устанавливаться налоговые льготы и основания для их применения. И все. Более ничего про льготы в Налоговом Кодексе в главе "Транспортный налог" нет. Соответственно, нет противоречия.