Как правильнее поступить - продать или подарить половину дома сестре, если вторая половина принадлежит ей и дом находится в Курганской области?

Конечно дарите! Налога не возникает при исполнении договора дарения между близкими родственниками! Если доли у вас не определены, сначала составляете соглашение об определении долей, а потом уже сам договор дарения.