Вы можете обратиться с заявлением в правоохранительные органы, если в действиях указанных вами лиц будут обнаружены признаки состава преступления, следственный орган примет соответствующее процессуальное решение.
Нужно подтвердить факт недостачи, установить ее размер и причины возникновения, после чего потребовать от работника письменные объяснения, затем обращаться в полицию или в суд в порядке гражданского дела